Hướng dẫn cụ thể về chính sách hoàn thuế GTGT đối với nguyên liệu, hàng hóa NK để sản xuất, gia công hàng XK, Bộ Tài chính phân tích, tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều cùa Luật thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 1/7/2016) có quy định về hoàn thuế GTGT như sau:
"Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan..."
Tại khoản 6 Điều 1 Nghi định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật thuế Tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế có quy định về hoàn thuế GTGT như sau:
"Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.
Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế GTGT đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế GTGT tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.
Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó XK, hàng hóa XK không thực hiện việc XK tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn."
Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp nguyên liệu, hàng hóa NK để sản xuất, gia công hàng XK không phải là trường hợp hàng hóa NK sau đó XK theo quy định tại Luật số 106/2016/QH13 và Nghị định số 100/2016/NĐ-CP vì nguyên liệu, hàng hóa NK này khi XK không còn giữ nguyên trạng như ban đầu.
Về việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn, theo Bộ Tài chính cho biết, trường hợp hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất, gia công hàng hoá XK theo hợp đồng sản xuất, gia công XK ký kết với bên nước ngoài (thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT) đã nộp thuế GTGT tại khâu NK thì số thuế GTGT đã nộp được xác định là số thuế nộp thừa và cơ quan Hải quan thực hiện hoàn thuế theo hướng dẫn tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT- BTC.
Trường hợp hàng hóa là nguyên liệu, vật tư, linh kiện NK để sản xuất, gia công hàng hoá XK không theo hợp đồng gia công ký kết với bên nước ngoài (không thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định tại khoản 20 Điều 5 Luật thuế GTGT), khi NK DN phải kê khai nộp thuế GTGT theo quy định, khi XK thuộc đối tượng áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% và cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa XK theo quy định.
Cơ quan Hải quan, cơ quan thuế kiểm tra hồ sơ thực tế của DN để thực hiện hoàn thuế theo quy định.