Theo hướng dẫn của Tổng cục Hải quan, căn cứ quy định hiện hành thì đối với trường hợp tờ khai đã thông quan, trừ nội dung khai bổ sung liên quan đến giấy phép xuất khẩu, nhập khẩu; kiểm tra chuyên ngành về chất lượng hàng hóa, y tế, văn hóa, kiểm dịch động vật, sản phẩm động vật, thực vật, an toàn thực phẩm, người khai hải quan, người nộp thuế xác định có sai sót trong việc khai hải quan thì được quyền khai sửa đổi, bổ sung và bị xử lý theo quy định của pháp luật (nếu có).
Bên cạnh đó, Tổng cục Hải quan cũng hướng dẫn đối với một trường hợp cụ thể khai sửa đổi, bổ sung. Cục Hải quan TPHCM chỉ đạo chi cục hải quan cửa khẩu Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất làm việc với doanh nghiệp, đề nghị xuất trình, cung cấp đầy đủ hồ sơ, căn cứ chứng minh việc phát sinh thông tin sai sót trên tờ khai hải quan đã đăng ký để xác định chính xác nguyên nhân khai bổ sung là do đối tác nước ngoài gửi nhầm hàng hay do sai sót về việc phát hành hồ sơ chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan dẫn đến khai báo sai tên hàng, đồng thời tiến hành kiểm tra sau thông quan đối với việc nhập khẩu hàng hóa.
Căn cứ hồ sơ, chứng từ do doanh nghiệp nộp, xuất trình và kết quả kiểm tra sau thông quan, trường hợp đủ cơ sở xác định hàng hóa đúng theo hợp đồng tuy nhiên do sai sót về việc phát hành hồ sơ chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan dẫn đến khai báo sai tên hàng thì căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Thông tư 3/2018/TT-BTC để thực hiện thủ tục khai bổ sung và xử lý vi phạm (nếu có) theo quy định.
Trường hợp hàng hóa đúng theo hợp đồng tuy nhiên do sai sót về việc phát hành hồ sơ chứng từ thuộc bộ hồ sơ hải quan dẫn đến khai báo sai tên hàng thì căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 20 Thông tư 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung tại khoản 9 Điều 1 Thông tư 3/2018/TT-BTC để thực hiện thủ tục khai bổ sung và xử lý vi phạm (nếu có) theo quy định.