Ngày 25/1/2021, Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 07/2021/TT-BTC quy định Thời điểm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu trong Hiệp định Thương mại tự do do giữa Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Liên Minh Châu Âu (Hiệp định EVFTA).

Thông tư 07/2021/TT-BTC quy định người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan theo quy định tại điểm a khoản 1 Điều 7 Thông tư số 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đặc biệt, tại điểm b khoản 1 Điều 3 Thông tư 07/2021/TT-BTC quy định trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA, người khai hải quan phải khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ trên tờ khai hải quan nhập khẩu và được khai bổ sung, nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn không quá 2 năm kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu và trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.

Trường hợp người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ sau thời hạn hiệu lực quy định tại điểm b khoản 1 Điều 3 vì lý do bất khả kháng hoặc các lý do hợp lệ khác nằm ngoài sự kiểm soát của nhà nhập khẩu hoặc các trường hợp xuất trình muộn khác, Bộ Tài chính (Tổng cục Hải quan) xem xét, quyết định việc áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA đối với các trường hợp cụ thể. Đối với trường hợp xuất trình muộn khác, hàng hóa phải được nhập khẩu trong thời hạn hiệu lực của chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa.

Việc kiểm tra, xác định xuất xứ hàng hóa để áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA thực hiện theo Thông tư số 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 quy định về xác định xuất xứ hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, Thông tư số 62/2020/TT-BTC ngày 5/9/2020 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 38/2018/TT-BTC và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

Đối với các tờ khai hải quan của mặt hàng nhập khẩu đăng ký từ ngày 1/8/2020 đến trước ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành, nếu đáp ứng đủ các quy định để được hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA, Nghị định số 111/2020/NĐ-CP ngày 18/9/2020 của Chính phủ quy định Biểu thuế xuất khẩu ưu đãi, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định EVFTA giai đoạn 2020-2022 và đã nộp thuế theo mức thuế cao hơn mức thuế quy định tại Hiệp định EVFTA và Nghị định số 111/2020/NĐ-CP thì người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ cho cơ quan Hải quan để được xử lý số tiền thuế nộp thừa theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.