Nghị định này dù đã giải quyết được một số bất cập, vướng mắc phát sinh trong việc thực hiện chính sách ưu đãi thuế đối với hoạt động gia công, sản xuất xuất khẩu (SXXK). Nhưng các quy định về thuế đối với hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ lại là rào cản, gây ra rất nhiều khó khăn cho DN. Cụ thể, tại điểm g, h khoản 6 Điều 1 quy định: "Sản phẩm xuất khẩu tại chỗ (XKTC) không được miễn thuế xuất khẩu. Người XKTC đăng ký tờ khai hải quan XKTC và kê khai nộp thuế xuất khẩu theo mức thuế suất và trị giá của sản phẩm XKTC theo quy định tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan XKTC" và "Sản phẩm nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai hải quan theo loại hình nhập gia công được miễn thuế nhập khẩu nếu người nhập khẩu tại chỗ đáp ứng quy định tại điểm a, b khoản 2 Điều 10 Nghị định này. Sản phẩm nhập khẩu tại chỗ đăng ký tờ khai hải quan theo loại hình khác thì người nhập khẩu tại chỗ kê khai, nộp thuế theo mức thuế suất và trị giá tính thuế của sản phẩm nhập khẩu tại thời điểm đăng ký tờ khai". Như vậy, bất cập ở chỗ, trong khi DN nội địa XKTC sản phẩm cho DN SXXK phải nộp thuế xuất khẩu cho sản phẩm xuất ra, DN nhập khẩu sản phẩm tại chỗ cũng phải nộp thuế nhập khẩu cho sản phẩm nhập khẩu tại chỗ.
Như vậy, một đối tượng hàng hóa nhưng cả hai DN đều phải nộp thuế đã gây ra bức xúc, cản trở hoạt động sản xuất của DN. Thí dụ như trên thực tế, ngay khi điền tờ khai nhập khẩu tại chỗ để thu mua nguyên liệu từ các khu chế xuất trong nước, DN phải ứng trước 12% tổng giá trị đơn hàng nguyên liệu vải và khoảng 20 đến 40% với phụ liệu tùy loại để nộp thuế. Điều bất cập hơn khi thuế phải nộp ngay nhưng thời gian hoàn thuế lại kéo dài hàng tháng, thậm chí cả năm khiến DN bị đọng, cụt vốn kinh doanh,... Mặt khác, việc quy định nêu trên còn gây ra sự bất bình đẳng giữa DN sản xuất theo phương thức mua đứt bán đoạn (FOB) với DN chuyên gia công, "lấy công làm lãi" không mang lại giá trị cao, tăng sức cạnh tranh trên thị trường.
Có thể thấy, do việc xây dựng chính sách chưa sát với thực tế đã vô tình "trói chân" DN. Thực tế chứng minh, hàng nhập khẩu tại chỗ sử dụng để SXXK sau cùng cũng xuất ra nước ngoài, không tiêu thụ trong thị trường Việt Nam thì theo quy định tại Luật Thuế XNK phải được miễn thuế. Mặt khác, để nộp thuế, DN phải huy động một số tiền lớn để đóng thuế và mất nhiều thời gian để hoàn thành các thủ tục, chứng minh hàng thật sự xuất mới được hoàn thuế. Điều này đã làm tăng thủ tục hành chính cho cả DN lẫn cơ quan quản lý để theo dõi, chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế, hoàn thuế. Mặt khác, quy định này gây ra sự bất bình đẳng giữa hàng gia công xuất khẩu và hàng SXXK khi hàng nhập khẩu tại chỗ để gia công xuất khẩu được miễn thuế mà hàng nhập khẩu tại chỗ để SXXK lại không được miễn thuế.
Điều này dẫn tới khuyến khích các DN lựa chọn hình thức gia công thay vì tìm cách nâng cao vị trí của dệt may Việt Nam trong chuỗi cung ứng, đi ngược lại chiến lược phát triển của ngành. Vừa qua, Hiệp hội Dệt may Việt Nam (Vitas) đã có văn bản gửi Chính phủ và các bộ, ngành liên quan, kiến nghị sửa đổi quy định cho phép miễn thuế nhập khẩu với hàng nhập tại chỗ để sản xuất hàng xuất khẩu, tạo sự bình đẳng giữa hình thức gia công xuất khẩu và SXXK, khuyến khích các DN chuyển sang làm hàng FOB thay vì khuyến khích gia công,...